Le acque reflue derivanti dalle gallerie sono convogliate al decantatore. La tipologia di decantatori proposti è data da decantatori statici e decantatori radiali. Nei decantatori le particelle solide in sospensione sedimentano, mentre l'acqua pulita sfiora dalla parte superiore. La gamma dei decantatori è molto vasta, con una capacità di trattamento che va da 200 l/min fino a 25.000 l/min ed oltre, a seconda delle esigenze.
Durante il percorso delle acque torbide verso il decantatore, viene aggiunto del policloruro di alluminio ed una soluzione acqua/flocculante, preparata in un'apposita stazione automatica di miscelazione. Il flocculante è costituito da una polvere non tossica, biodegradabile, che permette l'aggregazione delle sostanze solide in sospensione, accelerandone la sedimentazione. Nel decantatore, quindi, le particelle solide si depositano sul fondo, mentre l'acqua pulita risale verso l'alto.
Il decantatore è dotato di un separatore oli che è costituito da un anello in lamiera, concentrico al canale di sfioro del decantatore. Tale separatore ha la funzione di trattenere l'eventuale olio presente sul pelo libero dell'acqua in decantazione e rende possibile la sua rimozione con una operazione manuale tramite apposita tubazione.
La quantità di solidi sospesi contenuta nell'acqua all'uscita dal decantatore è minore o uguale a 80 mg/l, valore imposto dalla normativa per lo scarico in acque superficiali. Nel caso fosse necessario ridurre ulteriormente questo valore, si possono sottoporre le acque ad una seconda fase di filtrazione a valle della chiarificazione finale, per rimuovere i solidi sospesi di dimensioni minori. A tale scopo si usano i filtri a sabbia. Tali filtri hanno un funzionamento discontinuo, in quanto dopo un certo periodo di funzionamento, vanno rigenerati mediante lavaggio in controcorrente, allo scopo di rimuovere i solidi trattenuti. Infine, per la riduzione degli idrocarburi può rendersi necessario l'utilizzo dei filtri a carboni attivi.
